學生在赴日前可以申請日本政府獎學金，赴日后可以申請各種民間團體的獎學金。申請資格、支付條件等因獎學金的種類有所不同。自費留學生當中獎學金的獲得比例為，碩士46.5%，博士56.2%。
另外北海道大學還有學校自設(shè)的獎學金制度：
大學校長獎學金(資助對象為由友好學校推薦的特別優(yōu)秀的研究生)
獎學金額度：每年150萬日元(相當于11萬5千人民幣)
第一年為200萬日元(相當于15萬人民幣)
自費外國留學生特待制度(資助對象為特別優(yōu)秀的博士研究生)
獎學金額度：每年150萬日元(相當于11萬5千人民幣)
第一年為200萬日元(相當于15萬人民幣)
中國國家建設(shè)高水平公派研究生項目(資助對象為獲得中國留學基金委該項目資助的研究生)
獎學金額度：相當于學生所要支付學費的額度
