日本的高等教育體系較為封閉，因此申請日本的大學往往比許多歐美國家要困難。與中國不同的是，日本的很多大學并沒有專門針對留學生而開設的英語課程。換句話說，絕大多數(shù)留學生都需要和日本學生一起聽老師用日語授課，所以語言關就成了留學日本的第一道門檻。作為小語種，日語在中國的中學以及大學教育中并不普及，除去學習日語專業(yè)的人，絕大多數(shù)來日留學生都是通過日本的語言學校來系統(tǒng)學習日語的。順利的話經(jīng)過1年左右的時間，通過日語1級考試之后，就可以進入大學進行學習。

一般來說，日本的大學是4年本科、2年碩士、3年博士。其中博士的3年是最低年限，也就是說名義上3年可以讀完，但很多人尤其是文科類博士取得學位要花4、5年甚至更長的時間。研究會(seminar)是日本大學中的一個獨特的制度。每一個研究會都掛靠在一個老師名下，擁有一個大的研究方向和課題。本科生在升入3年級之后就會被要求選擇一個研究會，在這個研究會下完成自己的研究任務和畢業(yè)論文。在碩士和博士階段，學生同樣隸屬于一個特定的研究會，研究會的成員在導師的帶領下通過每周的研究指導來交流觀點，以便發(fā)現(xiàn)自己的不足來改進和完善研究課題。

這種導師中心制也影響到日本的碩博研究生錄取?？既∪毡镜拇髮W院(即中國的研究生院)一般需要通過院生考試;如果學生并沒有自信能通過院生考試，有的學生會以“研究生”(相當于中國的預科)的身份入學旁聽，這種一般需要事先同導師取得聯(lián)系，如果導師表示出接收意愿，才會通知學校發(fā)放錄取通知書，但并不保有學籍，一旦通過院生考試，方可以轉(zhuǎn)為正式的“院生”(研究生)。

不過，隨著國際化程度加深，越來越多的日本大學開始提供以歐美院校AO(admission office)錄取方式為基礎的諸如“志愿導師制”或“導師分配制”等先錄取后擇師的入學制度，一些有條件的學校甚至提供不需要日語基礎的全英語生錄取名額，以方便更多優(yōu)秀的外國留學生來日學習。